TDDB77 Databaser och bioinformatik

Projekt

Under projektdelen kommer ni att lösa ett bioinformatikproblem (delprojekt) genom att skapa en relationsdatabas. Andra kommer att lösa andra besläktade problem. Mot slutet kommer ni att koppla ihop databaserna i de olika delprojekt till en stor databas som kan ge svar till komplexa frågor. Uppgiften finns i projektbeskrivningen.

• OH - projektinformation
• Information om hur man kopplar ihop delprojektdatabaser.
• databaser för projektet
  • delprojekt genomdatabas:
    • NCBI - Entrez (Help and FAQ)
    • DDBJ
    • EMBL (database fields)
    • GeneCards
  • delprojekt proteindatabas:
    • NCBI - Entrez (Help and FAQ)
    • UniProtKB/Swiss-Prot
    • PDB
    • KEGG
  • delprojekt enzymsystem:
    • KEGG
    • Expasy
    • BRENDA (Hjälp finns i den gråa boxen)
  • delprojekt biologiska reglersystem:
    • MetaCyc
    • SPAD
    • KEGG
• Organisation och Deadlines
  • Våra projektdeadlines är hårda!
  • De flesta schemalaggda labtillfällen är UTAN assistenthandledning. Om ni har frågor kan ni dock alltid skicka ett meddelande och/eller boka en tid. (Det betyder dock inte att Patrick är tillgänglig just då.)
  • deadline: inlämning EER-diagrammet: 2012-04-29. Lämna en papperskopia till Patrick.
  • genomgång av EER-diagrammet: Le2 (2012-05-02) - detaljerad schema kommer senare
  • uppföljningstillfälle: La8 (2012-05-08) (Patrick tillgänglig på arbetsrummet.)
  • deadline: redovisning - demo: La10 (2012-05-15) - detaljerad schema kommer senare

Sidansvarig: Jose M. Peña
Senast uppdaterad: 2012-04-17